Pilates og yoga har forskellige vejrtrækningsmetoder. Pilates er at trække vejret ind og ud gennem næsen, og ånde ud gennem munden, mens Yoga er at trække vejret ind og ud gennem næsen. De fleste mennesker trækker vejret gennem maven, kan trække vejret gennem brystet eller trække vejret helt.
Og træningsintensiteten af de to er også forskellig. Træningsintensiteten af Pilates-bevægelser vil være større. Fordi træningsintensiteten af Pilates-bevægelser er større, kræver træningsprocessen mere fysisk styrke. Yoga træner dog vores fleksibilitet mere, så intensiteten er ikke så stor, men er du en ven, der lige er gået i gang med yogaøvelser, kan du mærke muskelsmerter.
Effekterne opnået af yoga og pilates er også forskellige. Yoga ændrer hovedsageligt folks fysiologi og psykologi for at opnå en tilstand af balance. Pilates har en bedre effekt på kropsformen og kan forbedre folks kropsform.